小美超声高通量声波基因组剪切仪与 bioruptor非接触式超声破碎仪用于全基因组DNA 200-500bp片段化的实验探究

实验目的：将全基因组DNA样品进行200-500bp区间的均一性片段化处理。
实验仪器及材料：
1.实验仪器：本次实验选用三款非接触打断仪器如下：小美超声-高通量声波基因组剪切仪、bioruptor-非接触式超声破碎仪、小美超声-聚能式超声波DNA打断仪。
2.实验材料：核酸浓度为160 ng/μL的全基因组DNA溶液。
实验步骤：　
1.提前15分钟将三款仪器的冷水机启动，设置温度为4℃。
2.将每个爱思进品牌的1.5 mL EP管加入100 μL 浓度为160 ng/μL的全基因组DNA溶液。

3.将2管装好样品的1.5 mL EP 管分别放入三款仪器的适配器当中，其他空余的孔位由加同样体积水的1.5 mL EP 管补齐。
4.程序设置：温度4℃，超声工作时间20s 间隔时间10s，总时长15分钟和20分钟，二个梯度对比。
5.程序结束后，取出样品使用毛细管电泳进行基因组片段化检测。
实验结果：
1.小美超声-高通量声波基因组剪切仪
①程序设置：温度4℃，超声工作时间20s 间隔时间10s，总时长15分钟

平均片段大小：310.0 bp

②程序设置：温度4℃，超声工作时间20s 间隔10s，总时长20分钟
平均片段大小：300.1 bp

2.bioruptor-非接触式超声破碎仪

①程序设置：温度4℃，超声工作时间20s 间隔时间10s，总时长15分钟

平均片段大小：432.9 bp

②程序设置：温度4℃，超声工作时间20s 间隔时间10s，总时长20分钟

平均片段大小：405.8 bp

3.小美超声-聚能式超声波DNA打断仪

①程序设置：温度4℃，超声工作时间20s 间隔时间10s，总时长15分钟

平均片段大小：365.5 bp

②程序设置：温度4℃，超声工作时间20s 间隔时间10s，总时长20分钟

平均片段大小：388.1 bp

4.三款仪器实验结果汇总

	总时长15分钟 200-500 bp区间占比	总时长20分钟 200-500 bp区间占比	峰图趋势
小美超声-高通量声波基因组剪切仪	64.7%	64.3%	平缓
bioruptor-非接触式超声破碎仪	58.3%	63.2%	陡坡
小美超声-聚能式超声波DNA打断仪	65.4%	62.2%	陡坡

注：当基因组片段在200-500 bp区间占比越高，峰图越平缓状时，说明基因组片段的均一性更好，反之亦然。

在样品、程序设定等条件相同的情况下，bioruptor的非接触式超声破碎仪和小美超声的聚能式超声波DNA打断仪在200-500 bp区间占比分别达到58.3%和65.4%，且二者峰图呈陡坡状，表明基因组片段化均一性差。

小美超声的高通量声波基因组剪切仪在200-500 bp区间占比达到64.7%，峰图呈平缓状，表明基因组片段均一性更好。

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